处理理遗赠扶养协议公证的程序是：1、相关当事人向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出申请；2、公证机关审查申请材料；3、发给公证书。
法律依据
《中华人民共和国公证法》第二十五条
自然人、法人或者其他组织申请办理公证，可以向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出。
第三十条
公证机构经审查，认为申请提供的证明材料真实、合法、充分，申请公证的事项真实、合法的，应当自受理公证申请之日起十五个工作日内向当事人出具公证书。但是，因不可抗力、补充证明材料或者需要核实有关情况的，所需时间不计算在期限内。
第三十五条
公证机构应当将公证文书分类立卷，归档保存。法律、行规规定应当公证的事项等重要的公证档案在公证机构保存期满，应当按照规定移交地方档案馆保管。
