施工合同纠纷处理流程如下：
1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。
2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。
3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导
一、分包和转包有什么区别
工程分包和转包的区别主要表现在：
(一)在工程分包常识的分包中，承包人与分包人承担连带责任，在转包中，转包人与转承包人不承担连带责任。
(二)分包只要不是分包建筑工程主体结构的施工内容或分包给不具备相应资质条件的单位等违法分包行为，则在发包人同意的情况下是为法律所允许的，而转包行为则被法律所禁止。
(三)在工程分包中的非法转包是指承包单位承包建设工程后不履行合同约定，直接将全部工程转包出去或将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转包给别人。
(四)在工程分包是指已经与发包人签订建设工程施工合同的承包人或总承包人将其承包的工程建设任务的一部分交给第三人(即分包人)完成。也就是说，工程转包与分包的区别在于转包是违法的，在一定条件下分包是合法的，两者的定义也不同。
二、企业订立合同应该有什么程序
1、立项：根据立项依据及资金来源(预算内与预算外)等进行。
2、意向接触：确定合作主要条件及运作方式，开展相关合作条件或价格方面的咨询，或者按招投标管理规定组织招标。
3、资信调查：确定合作主体是否符合签约要求、是否具备履约合同的能力。
4、草拟合同(协议)文本、谈判：经办部门根据项目进行草拟合同(协议)文本后，与合作主体进行谈判，就合作条款达成共识。
5、审查会签：承办人填写《合同送审责任表》，附合同草案，连同合同立项依据、他方当事人的资信状况证明材料，送会签部门、分管领导、法律顾问、公司领导审查。
6、签订合同。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第七百九十
隐蔽工程在隐蔽以前，承包人应当通知发包人检查。发包人没有及时检查的，承包人可以顺延工程日期，并有权请求赔偿停工、窝工等损失。
